#!/bin/bash

# Running BLAST
# QUANDO OS PARÂMETROS ESTAO ERRADOS ESTE SCRIPT NAO ECOA NADA SE FOR
# EXECUTADO PELO JAVA. DEVE-SE EXECUTA-LO PELO X-TERM PARA TER CERTEZA
# DE QUE ESTA FUNCIONANDO.


# Uso: blast.sh <arquivo entrada FASTA> <arquivo saida>
export BLAST_DB=/home/biofoco/db
echo "executing blast..."
time blastall -p blastx -d $BLAST_DB/nr -i $1 -o $2
echo "Blast successfully executed."
#sleep 5
#echo "finished"
